从事计算所软件科研开发、技术贸易的高新技术企业通常面临着两个问题：一是需要不断开发和积累本企业的技术成果，以保持企业技术的优势；二是需要保护好企业拥有的知识产权，以能够利用本企业的知识产权为自身带来经济效益，否则将会影响企业的生存和发展。面在处理两者关系中，知识产权的保护通常占有更重要的地位。这是因为，高新技术企业大都是以知识创新开发产品，当知识产品进入市场后，则完全依赖于对其知识产权的保护，如果没有保护或保护不好，企业就不可能大规模的知识开发投资，企业也不可能更好的生存与发展。
目前，我国的软件企业在维护自身合法权益方面仍然与国外同类企业存在着较大的差距，在两个方面问题上比较突出：一是保护软件知识产权法制意识比较薄弱；二是知识产权归属关系不清。甚至还有一些企业尚未将保护软件知识产权的内容纳入企业管理制度之中。
一、知识产权是一种无形的产权，是企业的重要财富，保护软件知识产权应当作为现代企业制度的一项基本内容
企业可以进行以下两个方面的工作：
1.建立企业的知识产权管理制度
一个软件企业，往往会面临软件知识产权的权利归属、软件人才的管理、软件技术的保密以及软件成果的有效利用等一系列的问题，这些问题的解决不可能仅仅依靠企业的某些领导的行政干预，依靠企业自身的管理制度才是解决问题是一种有效的途径。从目前我国软件企业的情况看，因软件的权利归属不清、人才外流、管理不善面导致软件知识产权泄密和流失的问题比较严重，软件的研发及经营活动中不规范的问题比较突出。国外的实践证明，企业自身的知识产权管理制度是企业生存与发展非常重要的管理手段，企业知识产权管理制度，不仅应当形成激励机制，还应当建立明确的约束机制，并将可能发生的问题防患于未然。通过制度管理，有效地控制和管理企业有关知识产权保护方面的资料，掌握主动权，以确保企业在技术发展处于不败的地位。
2.设置企业的知识产权管理机构
考察外国的高新技术企业的机构时，不难发现许多企业特别设置了知识产权部门，参与到软件立项、开发、销售及售后服务的每一环节，并为对外事务提供法律保障；企业不由一名主要负责人专门负责企业知识产权的事务，以杜绝在管理中出现的缺陷或者将缺陷降到最低的限度。相反，我国有的企业往往是遇到法律纠纷人员参与问题的解决。由于专业知识上的差距以及时间上的限制问题涉及范围大、问题的积累较多，增加了解决问题的复杂性，进而给企业带来麻烦。
二、软件企业应增强知识产权保护意识并充分了解法律适用
不可否认，计算机技术和软件技术的发展所引发的法律问题是传统产业从未遇到过的，并向现行法律体系提出了挑战。目前国际社会已形成以《著作权法》保护为主，《著作权法》（包括《计算机软件保护条例》）、《专利法》、《商标法》、《反不正当竞争法》《合同法》实施交叉和重叠保护（如：源程序及设计文档作为软件的表现形式用著作权法保护，同时作为技术秘密又受《反不正当竞争法》的保护）为辅的趋势。由于软件具有技术含量高的特点，使得对软件法律保护成为一种综合性的保护，对于我国企业来说，切忌对仅依靠某项法律或法规解决软件的所有知识产权问题抱有幻想。根据多年来我对计算机软件法律保护问题的研究，在保护企业软件成果知识产权方面提出以下几点简单、实用的途径供大家参考：
1.首先应当明确软件知识产权归属问题，是归企业还是制作、设计、开发人员所有；
2.软件技术秘密的认定、保密措施问题。企业对自己的软件产品或成果中的技术秘密，就当主动采取保密措施，否则无法认定为技术秘密，一旦发生企业“技术秘密”被泄露的情况，很难依法追究泄密行为人的法律责任；
3.专利的保护问题。企业的软件科技或者产品构成专利法律要件的，应当尽早办理申请专利权登记事宜，千万不要因企业自身的延误，造成企业软件成果？quot；新颖性“的丧失，而失去申请专利的时机；
4.软件产品进入市场之前的商标权和商业信息的保护问题。企业的软件产品已经冠以商品专用标识或者服务标识，要尽快完成商标或者服务标识的登记注册，保护软件产品的商标专用权；
5.最重要的一点是企业的软件产品进入市场之前就进行申请软件著作权登记。要防范被人抢先登记，给自己权益保护带来麻烦。在申请软件著作登记时特别要注意以下几点：一是要灵活运用三种交存鉴别材料的手段；二是将企业？quot；自有信息（仅自己掌握的信息）“加入到鉴别材料中；三是在软件鉴别材料中加入版权标识，即：copyright，首次发表日期，权利人，如”（c），1994.9，王三“，以起到公示的作用；四是切莫等到软件达到某种技术水平后再进行登记，软件著作权登记只要求软件的独创性，并不以软件的技术水平作为著作权是否有效的条件。
三、软件企业应当学会按经济合同规范调整各种关系
软件企业需要按照经济合同规范各种经济活动，明确权利与义务的关系。建立企业内部以及企业与外部的各种经济约束机制属当务之急。从目前存在的比较突出的问题来看，软件企业应重点建立以下各项合同规范：
1.劳动关系合同。软件企业与企业职工、外聘人员之间应建立合法的劳动关系，以及应就企业的商业秘密（技术秘密和经营秘密）的保密事宜进行约定，建立劳动利益关系合同以及保守企业商业秘密的协议。一些目前不宜马上实行劳动合同的单位，也通过建立或者健全本单位的有关规章制度的方式进行过渡，以鼓励企业员工的创造性劳动，明确企业开发过程中产生的软件技术成果归属关系，以预防企业技术人员流动时造成的技术流失和技术泄密等软件企业非常“苦恼”的问题。
2.软件开发合同。软件企业与外单位合作开发、委托外单位开发软件时，应建立软件权利归属关系等事宜的协议，可按照有关规定签订软件开发合同，约定软件开发各方面尚未开发的软件享有的权利与义务的关系，以及软件技术成果开发完成后的权利归属关系和经济利益关系等。如果软件开发方在合作中发现了合同的缺陷，应及早对合同进行补充、完善，切？quot；一失足千古恨“。
3.软件许可使用（或者转让）合同。软件企业在经营本企业的软件产品时，应当建立“许可证”（或是转让合同）制度，用软件许可合同（授权书）或者转让合同的方式，来明确规定软件使用权的许可（转让）方式、条件、范围、时间等事宜，避免因合同条款的约定不清楚、不明确而导致当事人之间发？quot；扯皮“等不愉快的事情，或者因合同条款无法界定而引发的软件侵权纠纷。
四、软件企业应尊重他人的知识产权，积极保护自己的合法权益
软件企业都知道，正版的软件既可以保证有效的技术支持和服务，又能避免计算机病毒的侵扰。将他人拥有知识产权的软件复制（拷贝）并向他人提供是一种商业性的使用行为。即便从事这种活动的人并没有获得经济收益，但在客观上影响了正版软件的销售量，软件权利人无法得到应有的报酬和必要的经济利益，也构成了侵犯软件权利人的合法权益的行为。
在知识产权纠纷诉讼问题上，有的软件企业往往采取“两个极端”的态度。一是在软件侵权纠纷事发前，不听劝告，不尊重他人的合法权益，任意使用他人的软件；二是一旦他人提起侵权诉讼后，又不知所措，要么将对方指控内容全部承受下来，对方提出的赔偿要求一概承担下来，可谓“不战而退”。这两种态度明显是不正确的。正确的态度当是，一旦发生纠纷诉讼，应当正视现实，认真对待。一方面弄清对方是否有权提起诉讼，切勿打了多月的官司，才发现对方根本无权诉讼他人侵犯软件版权；另一方面，检查自己的行为是否真正构成侵权，自己是否就当成为被告，应当依法承担何种责任。
总之，在保护软件知识产权方面，软件企业要充分利用我国现有的法律手段，在市场竞争中取得主动；同时，软件企业应当自觉依法办事，尊重他人的知识产权，合法使用他人的软件。